Sélection assistée par marqueurs (SAM)
Il est possible, dans de nombreux cas où le caractère agronomique recherché est déjà présent dans les collections de semences ou lorsque des mutations naturelles ou induites peuvent être envisagées, de sélectionner le caractère par sélection assistée. La mutagenèse chimique ou radio-chimique a largement contribué à la révolution verte [2] à une époque où seules les méthodes de sélection naturelle étaient disponibles. Aujourd'hui ce que l'on appelle sélection assistée consiste tout simplement en l'intégration optimale des méthodes de la génétique moléculaire dans le processus de sélection habituel.
Ces méthodes ne peuvent remplacer la transgenèse que lorsqu'une mutation naturelle ou induite est capable de produire le trait désiré et que les méthodes de sélection génétique sont applicable à l'espèce végétale considérée; ce n'est de loin pas toujours le cas.
Comme la sélection classique, qu'elle ne font que rendre plus rapide et aisée, ces méthodes aboutissent en fin de compte au mélange de deux génomes, ce qui entraîne inévitablement des effets secondaires parfois indésirables, en ce sens, elle n'est pas aussi "propre" que la transgenèse.
L'utilisation de "marqueurs" moléculaire, c'est à dire de marqueur qui doivent être détectés par des sondes spécifique d'ADN, est une méthode couramment utilisée en agronomie [1]. Cette méthode peut s'appliquer à des semences ou de jeunes plantes, il n'est pas nécessaire d'attendre le stade adulte pour étudier un phénotype; il s'agit d'une méthode particulièrement bien adaptée à la sélection de caractères génétiques complexes (QTL Quantitative Trait Loci)
Une des méthode les plus sophistiquée est celle de "TILLING" soit "Targeting Induced Local Lesions In Genomes" ou en français "ciblage de lésions induites dans les génomes" [3]. On parle d' "ECOTILLING" lorsque l'on ne recherche que les variations déjà présentes dans une population végétale. L'INRA dispose de plusieurs unités de recherche consacrées à cette méthode; mais bien entendu celle-ci est utilisée par tous les laboratoire de recherche en génétique moléculaire des plantes.