La FAO procède constamment à des consultations d'esperts dans le domaine des biotechnologies. Le rapport de la dernière consultation (de juin 2003) est consacré aux impacts des PGM sur l'environnement. La culture des OGM, avec leurs avantages mais aussi leurs risques potentiels pour l'environnement, doit être examinée dans le cadre d'écosystèmes plus vastes, et leurs effets sur l'environnement évalués au cas par cas. Les connaissances scientifiques des effets des OGM au niveau de l'agro-écosystème demeurent limitées. Ceci s'explique en partie par le nombre restreint d'espèces associées aux cultures pour lesquelles on dispose de données à ce jour. Les effets possibles des OGM sur l'environnement, à long terme et à grande échelle, doivent être quantifiés. Parmi les principaux domaines d'étude devraient figurer:
- Les flux de gènes et l'introgression dans des populations de plantes non cultivées.
- Les changements d'intrants et de pratiques agricoles liés aux OGM, et
- Les changements au-delà des agro-écosystèmes (par ex. autres biotes situés dans des sites communs).
Le message est clair seule une évaluation au cas par cas (c'est à dire espèce - variété par espèce - variété) dans un agro-écosystème donné fait du sens. Le bio-monitoring doit être effectué à l'échelle de l'agro-écosystème (ce qui suppose des essais en champ grandeur nature)