Dans une récente publication, (Antibiotic-resistant soil bacteria in transgenic plant fields, PNAS, March 11, 2008, vol. 105, no. 10 pages 3957–3962) des chercheurs suisses (Genève) et français (Lyon) ont étudié les bactéries du sol dans des champs dans lesquels du Maïs Bt avait été cultivé pendant plus de 10 années consécutives. Ils ont voulu savoir si le transfert de gène de la résistance aux antibiotiques d'une plante OGM aux bactéries du sol était vraisemblable, comme l'affirment depuis longtemps, contre toute évidence, les opposants aux OGM. Leur conclusion est la suivante " … nous, comme d'autres avant nous, n'avons détecté aucune évidence, au niveau cellulaire ou moléculaire, d'un transfert du gène blaTEM116 du mais transgénique Bt176 vers des bactéries. Si un tel transfert (bien qu'indétectable) devait malgré tout se produire il serait apparemment sans conséquence sur la structure de la communauté bactérienne …" ; ce qui veut dire simplement que les plantes transgéniques ne contribuent pas à la présence d'une résistance aux antibiotiques chez les bactéries du sol.
Les bactéries disposent de mécanismes qui leur permettent d'échanger des informations génétique sans reproduction sexuée. Pour cette raison certains opposants aux OGM ont émis l'hypothèse que les marqueurs de résistance aux antibiotiques des PGM pourraient être transférés à des bactéries pathogènes et ainsi contribuer à la perte d'efficacité des antibiotiques. L'émergence de bactéries résistantes en milieu hospitalier a contribué à l'augmentation de la fréquence de maladies nosocomiales souvent graves. La fréquente utilisation d'antibiotiques en médecine humaine et l'adjonction d'antibiotiques à la nourriture animale ont été mise en cause.
Les milieux scientifiques n'ont jamais cru à une telle hypothèse (le transfert de gènes de résistances de plantes vers des bactéries). D'une part parce que le transfert horizontal de gène d'une plante à une bactérie n'a jamais été démontré en conditions naturelles et d'autre part parce que, même en laboratoire, dans les conditions les plus optimales, il s'agit d'un événement extrêmement rare.
Les études des auteurs de l'article ont été faites dans des sols de cultures de maïs du sud-ouest (France). Le maïs Bt176 de Syngenta qui contient un gène marqueur de résistance à l'antibiotique ampicilline a été cultivé pendant plus de 10 ans dans cette région. La comparaison a été faites avec des sols de la même région ayant été cultivés avec du maïs conventionnel. Le gène bla code pour l'enzyme beta-lactamase qui inactive les antibiotiques de la famille de la pénicilline.
Comme on pouvait s'y attendre les auteurs ont constaté tous les sols contenaient des bactéries résistantes à l'ampicilline (entre 0.4 et 8% du total). Il n'existe aucune différence entre les sols des champs avec OGM et ceux sans OGM. On trouve d'ailleurs plus de bactéries résistantes à l'ampicilline dans les sols de prairies (non cultivés). Les bactéries qui produisent des antibiotiques possèdent d'ailleurs les gènes qui permettent la dégradation de ces même antibiotiques pour leur propre protection. Beaucoup de bactéries sont aussi multirésistantes.
Le gène bla a été identifié au niveau moléculaire par la méthode PCR dans plus de 87 % des bactéries du sol résistantes à l'ampicilline. Le gène blaTEM116 utilisé par Syngenta dans la construction du maïs Bt176 an été trouvé dans de nombreux isolats à plusieurs centaines de kilomètres des cultures OGM. Ce n'est pas surprenant puisque ce gène a été isolé par les chercheurs de Syngenta à partir de souches de bactéries du sol.
Le travail met donc fin à une controverse qui a abouti à l'interdiction de la mise en culture de plantes transgéniques possédant un gène marqueur de résistance aux antibiotiques (interdiction en Suisse dès fin 2008). En 2004 l'EFSA avait proposé une interdiction de la culture à fin commerciale et scientifique de plantes transgéniques contenant des marqueurs de résistance aux antibiotiques. L'argument étant que, même en l'absence de risques prouvés d'effets de la culture de plantes OGM sur la résistance des bactéries aux antibiotiques, ces gènes-marqueurs devaient être interdits en raison du principe de précaution.
D'autres stratégies de sélection ont donc été mises au point, en particulier l'usage de gènes de résistance aux herbicides voir ICI